住宅ローン控除を忘れた場合の対処法｜年末調整・2年目・5年以内・5年過ぎたときのケース別に解説

「今年の住宅ローン控除の手続きを忘れてしまった！もう控除は受けられない？」
「控除の申告を忘れたので手続きし直したいけれど、どうすればいい？」
そんなときの対処法として、この記事では「住宅ローン控除を忘れたときのケース別の対処法」をわかりやすく整理して解説します。

この記事の監修者

ファイナンシャルプランナー
茂木 禄人

株式会社Mapフィナンシャル において、独立系アドバイザーとして活動。詳細プロフィールはこちら

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住宅ローン控除を忘れたときのケース別早見表

住宅ローン控除の申告を忘れてしまった場合でも、多くのケースは「5年以内」であればやり直しができます。まずは、あなたの状況が次のどれに当てはまるかを確認してみてください。

それぞれのケースについて、次の章から順番にくわしく解説していきます。

住宅ローン控除を忘れた場合のケース別対処法

上の早見表でご自身の状況を確認したら、ここからはそれぞれのケースごとの具体的な対処法をくわしく見ていきましょう。1年目・2年目以降・複数年漏れ・5年を過ぎた場合に分けて解説します。

1年目の住宅ローン控除の確定申告を忘れた場合

住宅ローン控除の初年度は、サラリーマンであっても自分で確定申告をする必要があります。この確定申告をし忘れてしまっても、「還付申告」としてさかのぼって手続きができます。

なお、手続きの期限は原則として過去5年分までです。期限の考え方については、後述の「申告忘れでも5年以内なら控除を受けられる」を参照してください。

還付申告をする場合は、給与所得の源泉徴収票、住宅ローン残高証明書、登記事項証明書や売買契約書の写しなど、通常の住宅ローン控除の確定申告と同じ書類をそろえます。そのうえで、該当年分の確定申告書を作成し、税務署に提出すれば、払いすぎていた所得税が還付されます。

2年目以降の住宅ローン控除を年末調整で申告し忘れた場合（会社員）

2年目以降の住宅ローン控除は、会社員であれば年末調整で手続きできますが、申告し忘れてしまうことがあります。この場合、まずは勤務先の担当者に相談し、「年末調整のやり直し」に応じてもらえるかを確認しましょう。

会社でのやり直しが難しい場合は、自分で確定申告をすれば控除を受けられます。必要書類は、住宅ローン残高証明書と、初年度の確定申告後に税務署から送られてくる住宅借入金等特別控除申告書などです。

これらをもとに、給与所得の源泉徴収票と合わせて確定申告書を作成し、提出することで、その年の住宅ローン控除を適用できます。

2年目以降に年末調整をしていない・途中退職した場合（確定申告が必要なケース）

途中で退職したり、複数の会社で働いていて年末調整ができていない場合は、そもそも年末調整で住宅ローン控除を受けていない可能性があります。この場合も、自分で確定申告を行えば、住宅ローン控除を含めて所得税の精算ができます。

まずは、その年に受け取ったすべての給与の源泉徴収票と、住宅ローン控除に必要な書類一式を用意します。確定申告書には、給与の合計額とともに住宅ローン控除の欄を記入し、税務署に提出します。

年末調整をしていない年でも、適切に確定申告をすることで控除を受けることができるため、放置せずに早めに手続きを進めましょう。

住宅ローン控除の申告漏れに複数年分まとめて気づいた場合（5年以内）

数年分の住宅ローン控除をまとめて申告し忘れていたことに、後から気づくケースも少なくありません。還付申告は過去の分までさかのぼって手続きができます。

なお、手続きの期限は原則として過去5年分までです。期限の考え方については、後述の「申告忘れでも5年以内なら控除を受けられる」を参照してください。

この場合、年ごとに必要書類をそろえ、それぞれの年分について申告書を作成します。入居した年からの控除適用状況や、各年の所得・源泉徴収票の内容を整理しながら準備する必要があるため、書類を年別にフォルダ分けしておくとスムーズです。還付される金額が大きくなることも多いため、期限内にしっかり手続きしておきましょう。

住宅ローン控除の申告漏れに気づいたのが5年を過ぎていた場合

還付申告ができるのは原則として「5年以内」までの年分に限られます。そのため、住宅ローン控除の申告漏れに気づいた時点で、対象年分が5年を過ぎている場合、その年の所得税についてはさかのぼって控除を適用することができません。

ただし、その後の年については、年末調整や確定申告で住宅ローン控除を正しく申告すれば、以降の控除は受けられます。今後同じミスを繰り返さないよう、年末調整の提出書類や確定申告のスケジュールをあらかじめカレンダーやタスク管理に登録しておくなど、管理方法を見直しておくと安心です。

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住宅ローン控除と申告忘れの基本

ここまで、住宅ローン控除を忘れてしまったときのケース別の対処法を見てきました。続いて、各ケースを理解しやすくするために、住宅ローン控除そのものの基本も簡単に整理しておきます。

「住宅借入金等特別控除」は、通称「住宅ローン控除（住宅ローン減税）」とも呼ばれる制度です。住宅ローンを組んでマイホームを購入した際、一定の条件を満たしていれば、所得税や住民税の一部が一定期間控除されます。

控除期間や最大控除額、対象となる住宅の区分は、入居時期や省エネ性能などによって変わるため、最新の制度概要は国税庁や国土交通省の情報をご確認ください。

申告忘れでも5年以内なら控除を受けられる

結論からいえば、住宅ローン控除の手続きを忘れてしまっても、翌年以降に手続きをすれば還付金を受け取ることが可能です。

ただし、住宅ローン控除には時効があり、5年間を過ぎると申告はできず、還付も受けられません。

この「5年ルール」は、1年目の確定申告を忘れた場合でも、2年目以降の年末調整や確定申告を忘れた場合でも共通です。各ケースでの具体的な手続きは、それぞれの章で解説していますが、期限の考え方についてはこのセクションを参考にしてください。

控除申告を忘れた際の対処方法は２つ

住宅ローン控除の手続きを忘れてしまった場合の対処方法は、大きく分けて次の2つです。

会社員かどうか、1年目か2年目以降かによって具体的な手続きが変わるため、詳しくは上の「ケース別早見表」および各ケースの章を確認してください。

住宅ローン控除を忘れた際に年末調整をし直してもらう方法については、次の項にまとめました。

ゼロリノベジャーナル

住宅ローン控除の確定申告を超わかりやすく解説｜1年目の書き方・e-Tax手順・必要書類まとめ | ゼロリノベ… 住宅ローン控除の確定申告が初めての方へ。1年目の書き方、必要書類、e-Taxでの申請手順をわかりやすく解説します。自分でやりたい人も迷わず完了できる完全ガイドです。

ゼロリノベジャーナル

【2026年1月最新】住宅ローン控除の適用条件や控除額をわかりやすく解説！ | ゼロリノベジャーナル

住宅ローン控除を忘れた際に年末調整をし直してもらう方法

会社で年末調整をし直してもらうには、どうすればいいのでしょうか？

この方法をとれるのは、以下のどちらにもあてはまる人です。

その場合の必要書類や再調整を依頼する時期・流れについてここから詳しく解説します。

年末調整で必要な書類

まず、年末調整のために必要な書類を揃えましょう。以下のリストにあるものを用意してください。

再調整を依頼する時期

では、年末調整のし直し＝再調整を会社に依頼できる時期は、いつ頃まででしょうか？

再調整には期限があります。会社が税務署に法定調書を提出する期限、つまり翌年の1月末日までに行わなければなりません。

その期限を過ぎてしまった場合は、社内で再調整はできなくなるので、本人が確定申告をする必要があります。

たとえば、2025年の年末調整で住宅ローン控除の申告を忘れてしまった場合は、2026年1月31日までの法定調書提出に間に合えば社内でやり直してもらうことができますが、2026年2月1日以降は自分で確定申告しなければならない、というわけです。

自分で確定申告をするのは、慣れていない人には手間がかかることなので、できれば年末調整のし直しで対応してもらいたいところです。

ただ、前述したように、会社によっては再調整をしてもらえないところもあるようなので、担当部署に相談してみてください。

再調整を依頼する流れ

では、実際に年末調整をし直してもらう際にはどうすればいいのでしょうか？その流れは、おおむね以下の通りです。

年末調整の再調整をしてもらう段取りは、これだけです。あとは還付金が戻るのを待ちましょう。

確定申告で住宅ローン控除を受ける方法

次に、確定申告が必要になった場合はどうすればいいのでしょうか？

以下のようなケースでは会社での年末調整はできず、本人が確定申告の手続きをしなければなりません。

では、その場合にはどうすればいいのか、説明していきましょう。

確定申告で必要な書類

まず、確定申告の必要書類は以下の通りです。会社員の場合は、住宅ローン1年目の確定申告と、2年目以降とでは必要なものが異なるので注意してください。

申告の窓口

確定申告の書類が揃ったら、以下のいずれかの方法で提出します。

申告の時期

確定申告は、翌年の2月16日から3月15日が申告期間です。たとえば2025年分の確定申告は、2026年2月16日～3月15日の間に書類を提出する必要があります。

2月16日や3月15日が土曜日や日曜日の場合は、その次の月曜日まで期間が延長されます。

ただし、申告忘れの場合は、5年以内であれば2月16日～3月15日以外の時期にも提出することができます。

住宅ローン控除の申告忘れに気づいたら、なるべく早く確定申告書類を揃えて申告するようにしましょう。

申告の流れ

自分で確定申告する場合の申告の手順は、おおむね以下の通りです。

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必要書類をなくしてしまった場合の対処法

住宅ローン控除の申告をしようとしても、「必要書類をなくしてしまった」という場合もあるでしょう。
そんなときは慌てないでください。

「必要書類」「必要書類」の表にも入手方法を記載しましたが、どの書類も再発行や再取得ができます。

◎住宅ローンの年末残高証明書：
住宅ローンを組んだ金融機関に再発行を依頼すると、目安としておおむね1週間程度で郵送されてきます。
ただ、金融機関によっては手数料がかかる場合もありますので、依頼時に確認しましょう。

◎「給与所得者の（特定増改築等）住宅借入金等特別控除申告書」兼「年末調整のための（特定増改築等）住宅借入金等特別控除証明書」：
「年末調整のための(特定増改築等)住宅借入金等特別控除関係書類の交付申請書」に記入をして、管轄の税務署に再発行手続きをします。くわしい手続きのしかたは、国税庁ホームページ「年末調整のための(特定増改築等)住宅借入金等特別控除関係書類の交付申請手続」を参照してください。

よくある質問

ここまで、住宅ローン控除の手続きを忘れてしまった場合、一般的にどうすればいいのかをくわしく説明してきました。
が、それ以外にも特定のケースについて疑問がある方もいるでしょう。そこで、よくある質問にも答えておきます。

残高証明書が届いたあとに、住宅ローンを繰上げ返済・借り換えをしたらどうする？

年末残高証明書は、多くの金融機関で「9月末などの時点の情報をもとに、10月以降に年末の残高予定額として発行」されます。

• その後に繰上げ返済をすると、証明書の残高と実際の残高がずれるため、金融機関に年末残高証明書の再発行を依頼します。
• 住宅ローンを借り換えた場合は、借り換え後の金融機関から発行される年末残高証明書のみを使用します（元のローンの証明書は不要）。
• 会社員で再発行が年末調整に間に合わないときは、再調整が可能なら会社に依頼、難しければ自分で確定申告（還付申告）すれば控除は受けられます。

残高証明書が銀行から届かなくなったのはなぜ？

1. 住宅ローン控除の適用期間が終わった
   • 住宅ローン控除は、新築で最長13年、中古などで最長10年など、物件や入居時期によって期間が決まっています。
   • 期間が終了すると控除対象外になるため、金融機関は年末残高証明書を発行しません。
2. 借入期間が10年未満になった
   • 控除の条件に「借入期間が10年以上」という要件があり、残りの返済期間が10年未満になると控除対象外です。この場合も、金融機関は年末残高証明書を発行しないことがあります。
3. 住所変更が金融機関に届いていない
   • 登録住所が古いままだと、証明書が発送されても届きません。
   • 住所変更の手続きをしたうえで、金融機関に再発行を依頼しましょう。

まとめ

本記事では、住宅ローン控除の手続きを忘れてしまった場合の対処法についてお伝えしました。以下、要点です。

◎住宅ローン控除の手続きを忘れてしまっても、5年以内なら控除を受けられる
◎控除申告を忘れた際の対処方法は、
　・年末調整をし直してもらう
　・確定申告をする
◎必要書類をなくしてしまったら、再発行してもらえる

無事に住宅ローン控除を受けられるよう願っています！

編集後記

薮

年末調整の再調整ができない場合は確定申告になります。手続きが面倒な印象がありますが、最近はマイナポータルとの連携で、控除証明書等のデータを一括取得し自動入力できるようになり、便利になりました。せっかくの還付金ですから、ぜひ諦めず手続きを進めてみましょう。

小野

会社員は確定申告をする機会が少ないので忘れてしまいがち。申請を忘れてしまわないようにリマインダーを活用しましょう。もし忘れてしまっても5年もの猶予があるのは嬉しいですね。